Die erste urkundliche Erwähnung der Ortschaft war 1318 unter dem Namen „Nytézfelde“.

Diese ursprüngliche Ansiedlung vermutet man westlich vom heutigen Ortsgebiet, also näher am Neusiedler See. Auf Grund des ansteigenden Wasserspiegels des Sees flüchteten die Bewohner und siedelten sich weiter östlich des Sees wieder an. 

Die heutige Gemeinde Apetlon soll um das Jahr 1410 unter dem Ortsnamen „Apathlan“ auf dem Platz, auf dem sie heute steht, erbaut worden sein.

Bis 1921 war das heutige Gebiet des Burgenlandes ein Teil von Ungarn und die Ortschaft wurde als „Mosonbánfalva“ bezeichnet.

1991
Urkunde: Erhebung zur Marktgemeinde. Ein bedeutendes Ereignis war die Erhebung Apetlons zur Marktgemeinde am 1. Oktober 1991.

1993
Apetlon und die Lange Lacke wurden der Kern des Nationalparks Neusiedler See- Seewinkel.

2001
Apetlon und sein Gemeindegebiet gehören zum UNESCO Welterbe-Fertö-Neusiedler See